Международный аэропорт «Манас» до 26 марта 2022 года работает по осенне-зимней навигации. На сегодняшний день рейсы выполняются по следующим направлениям:
Казахстан:
Алматы-Бишкек-Алматы. Авиакомпания «Эйр Астана», 12 рейсов в неделю.
Нур-Султан-Бишкек-Нур-Султан. Авиакомпания «Эйр Астана», среда, пятница и воскресенье.
Туркестан – Бишкек – Туркестан. Авиакомпания «Флай Арыстан», понедельник и четверг.
Узбекистан:
Ташкент-Бишкек-Ташкент. Авиакомпания «Узбекистон хаво йуллари», понедельник, четверг, суббота.
Турция:
Стамбул-Бишкек-Бишкек. Авиакомпания «Турецкие авиалинии», 17 рейсов в неделю.
Стамбул-Бишкек-Бишкек. Авиакомпания «Пегасус Эйрлайнз», 14 рейсов в неделю;
Анталия-Бишкек-Анталия. Авиакомпания «Пегасус Эйрлайнз», понедельник, среда, пятница;
ОАЭ:
Дубай-Бишкек-Дубай. Авиакомпания «Флай Дубай», ежедневно.
Шарджа-Бишкек-Шарджа. Авиакомпания «Эйр Арабия», 6 рейсов в неделю.
Кувейт:
Кувейт-Бишкек-Кувейт. Авиакомпания «Аль-Жазира», среда, воскресенье.
Монголия:
Улан-Батор-Бишкек-Улан-Батор. Авиакомпания «Хунну Эйр», воскресенье.
Иран:
Мешхед-Бишкек-Мешхед. Авиакомпания «Вареш Эйрлайнз», четверг.
Россия:
Бишкек-Москва-Бишкек. Авиакомпания «Эйр Манас», вторник;
Бишкек-Казань-Бишкек. Авиакомпания «АвиаТраффикКомпани», понедельник;
Бишкек-Краснодар-Бишкек. Авиакомпания «АвиаТраффикКомпани», пятница;
Бишкек-Красноярск-Бишкек. Авиакомпания «АвиаТраффикКомпани», вторник;
Бишкек-Москва-Бишкек. Авиакомпания «АвиаТраффикКомпани», 10 рейсов в неделю;
Бишкек-Новосибирск-Бишкек. Авиакомпания «АвиаТраффикКомпани», среда, пятница;
Бишкек-Санкт-Петербург-Бишкек. Авиакомпания «АвиаТраффикКомпани», среда, суббота.
Москва-Бишкек-Москва. Авиакомпания «Уральские авиалинии», 6 рейсов в неделю.
Москва-Бишкек-Москва (Жуковский) Авиакомпания «Уральские авиалинии», вторник, четверг, воскресенье (с 15 по 24 марта 2022г).
Екатеринбург-Бишкек-Екатеринбург. Авиакомпания «Уральские авиалинии», вторник, суббота.
С 14 марта 2022 года возобновлен 1 рейс в день по маршруту «Москва-Бишкек-Москва» авиакомпании «Аэрофлот» (возможно будут изменения).
Внутренние рейсы:
Бишкек-Ош-Бишкек. Авиакомпания «АвиаТраффикКомпани» в день 3 рейса.
Бишкек-Ош-Бишкек. Авиакомпания «Эйр Манас» 4 раза в неделю.
Бишкек-Ош-Бишкек. Авиакомпания «Тез Джет» в день 6 рейсов.
Бишкек-Баткен-Бишкек. Авиакомпания «Тез Джет» 1 раз в неделю;
Бишкек-Джалал-Абад-Бишкек. Авиакомпания «Тез Джет» 3 раза в неделю;
Бишкек-Исфана-Бишкек. Авиакомпания «Тез Джет» 1 раз в неделю.
Бишкек-Ош-Бишкек. Авиакомпания «Аэро Номад Эйрлайнс» 6 раз в неделю.