В целях защиты экономических интересов республики и реализации её таможенной политики на территории Международных аэропортов «Манас» и «Ош» свою деятельность осуществляет таможня «Манас» и Центр таможенных процессов «Ош», которые непосредственно подчинены Государственной таможенной службе при Правительстве КР.
Для выполнения поставленных задач таможня оснащена современной рентгентелевизионной досмотровой техникой и техническими средствами таможенного контроля, необходимые для выявления и пресечения незаконного ввоза и вывоза запрещенных товаров.