Контрольно-пропускные пункты "Манас-аэропорт" и "Ош-аэропорт" являются одним из подразделений пограничного контроля Государственной пограничной службы Кыргызской Республики, которые в своей деятельности руководствуются Конституцией, Законом Кыргызской Республики "О Государственной границе Кыргызской Республики" и иными нормативными правовыми актами Кыргызской Республики, вступившими в установленном законом порядке в силу международными договорами, участницей которых является Кыргызская Республика.
Охрана Государственной границы в пунктах пропуска "Манас-аэропорт" и "Ош-аэропорт" и пропуск через Государственную границу лиц, воздушных судов, грузов и иного имущества осуществляется пограничными нарядами, высылаемыми от вышеуказанных контрольно-пропускных пунктов. Необходимо отметить, что от контрольно-пропускного пункта "Манас-аэропорт" выставляется состав пограничных нарядов в пункт пропуска "Иссык-Куль-аэропорт" (летнее время) для выполнения задач по охране Государственной границы и осуществления пропуска через Государственную границу лиц, воздушных судов, грузов и иного имущества в период туристического сезона.
Общий распорядок работы указанных пунктов пропуска - время начала и окончания работы, графики (расписания) оформления лиц, воздушных судов и грузов, следующих через Государственную границу - утверждается совместным решением руководителей государственных контрольных органов и директора аэропорта.